Fondée par l’Assemblée des Patriarches et des Évêques Catholiques en 1979, la Pastorale Universitaire de l’USEK est ensuite officiellement reconnue par l’État libanais en 1988. Inscrite dans les statuts organiques de l’Université, elle est ouverte à l’ensemble du personnel et des étudiants couramment inscrits. Le but de toute pastorale universitaire au sein d’une institution catholique d’enseignement supérieur au Liban est de proposer à la communauté universitaire un lieu de vie chrétienne et de réflexion spirituelle. Les personnes qui s’y engagent peuvent y vivre une expérience humaine, faite d'échanges et de rencontres.

Les objectifs premiers de la Pastorale Universitaire répondent à l’appel lancé par le Pape Jean-Paul II : « Dans la vie scolaire et universitaire, il convient d’être attentif à la présence et à la qualité de l’animation spirituelle par des aumôneries bien organisées, pour que les jeunes trouvent des instances de réflexion et de prière qui les aident à unifier leur vie d’hommes ou de femmes chrétiens en prenant en compte les connaissances acquises dans leur cursus éducatif »
(Une espérance nouvelle pour le Liban, n°110).

En effet, la Pastorale Universitaire de l'USEK, c’est :

• une présence chrétienne de prière (prières communautaires, retraites spirituelles, pèlerinages, etc.), de foi, d’information et de formation à l’intelligence de la foi ;
• un espace chrétien de rencontre, d’échange, d’ouverture à l’autre dans sa diversité ;
• un espace dynamique d'activités spirituelles, culturelles, sportives et de loisirs ;
• un espace d'écoute et d'accompagnement spirituels (aumônerie) comme psychologiques.

En outre, au travers des diverses activités organisées par la Pastorale, un apprentissage des valeurs essentielles à la vie universitaire et en société est dispensé, à savoir :

• respecter et accepter les autres dans leur différence, morale comme physique ;
• savoir écouter ;
• vivre et gérer les réussites comme les échecs ;
• savoir prendre les décisions qui s’imposent au moment opportun ;
• suivre une méthodologie rigoureuse de travail ;
• respecter les exigences qu’impliquent les études universitaires (travaux complémentaires aux cours, projets de recherche, délais impartis, etc.) ;
• avoir un sentiment d’engagement et d’appartenance à l’égard de l’Université.

La Pastorale de l'USEK organise régulièrement : 

• des rencontres spirituelles, des célébrations religieuses et un pèlerinage le 1er mai de chaque année sur les sites mariaux afin de célébrer le culte de la Vierge Marie ;
• des manifestations culturelles et des conférences sur des thèmes d’actualité ou de culture générale ouvrant la voie à une réflexion qui s’exerce en toute liberté ;
• des moments de méditation et de partage ;
• des activités sportives et de loisirs (excursions, conférences, soirées, jeux, etc.) afin de développer le sens et l’esprit d’équipe ainsi que le sentiment d’appartenance à un groupe.